A hepatite C é causada pelo HCV que é o agente etiológico da maioria das hepatites transfusionais, antigamente denominadas de Hepatites Não-A e Não-B. É um vírus com envelope lipídio, que contém RNA em seu genoma e é constituído por uma simples cadeia de leitura com duas regiões não codificantes. A quantificação fornece informação prognóstica, pois indivíduos com carga viral alta, têm menor chance de responder ao tratamento. Os genótipos estão correlacionados a diferenças geográficas, à evolução clínica, ao prognóstico e à resposta terapêutica ao Interferon nas infecções crônicas. Além dos vários genótipos, o vírus C é muito mutante e existem poucas evidências de que a infecção pelo HCV confira imunidade à reinfecção por cepas homólogas.